本馆馆藏的分类目前主要采用《中国图书馆分类法》。由于历史原因，早年入藏图书及大部分古籍采用其他分类法。
通过本馆馆藏目录查找图书时，可以选择“分类号”或“索书号”途径，索书号由“分类号＋区分号”组成（大部分古籍/线装书不支持分类号、索书号查找）。
1974年以后入藏的中外文图书（不含古籍及新版线装书）及期刊，统一采用《中国图书馆分类法》（原名《中国图书馆图书分类法》，简称《中图法》）。
本馆现有采用十进数字编号的中外文老分类图书十余万种，均为1974年前入藏，其中包括绝大部分的民国图书。
中文、日文：采用《华东师范大学图书馆中文图书分类表》
西文、俄文：采用旧版《杜威十进分类法》（DDC），经部分修订
目前古籍（及新版线装书）采用刘国钧《中国图书分类法》的体系，但首字符改用字母，为改订刘国钧分类法
馆藏“愚斋图书”采用四部分类法（即：经、史、子、集）
原上海教育学院及上海第二教育学院图书馆古籍采用《中图法》，与目前普通图书分类一致
