图书馆设有:资源建设中心、读者服务中心、情报咨询中心、古籍保护中心、特藏建设中心、跨学科支持中心、数据与技术中心、综合办公室，一共8个部门。
部门
地点
资源建设中心
闵行校区馆、普陀校区馆
情报咨询中心
古籍保护中心
闵行校区馆
跨学科支持中心
读者服务中心
特藏建设中心
普陀校区馆
数据与技术中心
综合办公室
